使用tleap制备多肽库

在我们的实际工作中,经常需要使用批量脚本进行操作。本文分享一个实际工作中编写过的一个批量构建多肽的脚本。使用AmberTools中的tleap工具批量构建多肽分子,制备多肽库。在碰到其他大批量操作时,可参考本文的批量循环方式。

案例教程:g_mmpbsa工具的安装(Python模块缺失解决方法)

结合自由能及其相关计算一直是分子动力学模拟中的一个重要方法,特别是在药物设计中。但MMPB(GB)SA作为一个常用的方法,却并不包含在GROMACS软件包中,所以常常使用第三方提供的g_mmpbsa工具。下面简要介绍g_mmpbsa工具的安装方法。并演示如何修复在安装g_mmpbsa工具的过程中遇到的Python模块缺失问题。

pdbqt到pdb或mol2的批量转换

AutoDock Vina作为一款开源的分子对接软件,具有速度快,算法准确等优点,特别适合用于搭建基于分子对接的虚拟筛选。但是由Vina给出的虚拟筛选的结果却是pdbqt格式的!其他软件常常不能正确的识别。本教程中将利用MGLTools、UCSF Chimera和Open Babel软件演示如何批量的将pdbqt分子文件转换为标准的pdb和mol2分子文件。

案例教程:GROMACS-5.1.4的安装

Linux系统中软件的安装一直是一件很繁琐的事情。尽管在各LINUX系统的发行版中都发展出了简便的包管理程序,但还有不少软件需要自行编译安装,以满足最优的个性化软件配置方案。GROMACS软件作为药物设计中三大分子动力学模拟软件之一,具有不小的受众面。本次教程将演示GROMACS的安装过程,介绍LINUX系统中软件安装的一般步骤。

VMware虚拟机安装教程2(系统安装)

在计算机辅助药物设计中,通常需要用到Linux操作系统,但日常科研工作又离不开经典的Windows系统。而且交替配合使Linux和Windows中的药物设计软件也是常有的事。在两台电脑间切换未免有些麻烦,本文推荐使用VMware虚拟机软件在一台电脑上实现两种系统环境。另外,在电脑资源不足时,这也是一种不错的选择。

VMware虚拟机安装教程1(进入系统引导界面)

在计算机辅助药物设计中,通常需要用到Linux操作系统,但日常科研工作又离不开经典的Windows系统。而且交替配合使Linux和Windows中的药物设计软件也是常有的事。在两台电脑间切换未免有些麻烦,本文推荐使用VMware虚拟机软件在一台电脑上实现两种系统环境。另外,在电脑资源不足时,这也是一种不错的选择。